1937年9月，教诲总队一部插手淞沪会战。同年11月奉军政部号令扩为三个旅六个团制的甲种师。所属六个团中，三个团（第1、3、5团）已完整实现德式设备与体例。南京保卫战中教诲总队丧失惨痛，余部退到汉口掉队行整编，与戴嗣夏第46师合编重修为三个旅六个团制的第46师。

1948年9月，方才重修的88师在锦州被全歼，师长黄徵被俘。

1947年12月，71军受命留88师守四平，军部率主力87师和91师驰援沈阳。1948年2月，束缚军猛攻四平，此时的88师已是颠末两次毁灭性打击后又两次重修的军队，战役力已不成同日而语，除师长彭锷率少数人逃脱外，几近被全歼。1948年7月，彭锷在锦州地区重修88师，归新8军建制。

87师与88师因在滇西反攻中捐躯庞大是以滇西战事刚一结束随即调回保山整补。此时正值日军策动豫湘桂作战，在广西地区连陷桂林、柳州、独山，贵阳垂危，是以88师当即空运贵阳，敏捷稳定结局势。在随后的广西部分反攻中，71军又作为主力之一插手反攻。日本投降后71军空运上海受降。

1946年3月，87师和88师在71军建制里进入东北，前后插手了本溪、四平之战，随后即驻军四平。

合编以后的新第46师师长为原教诲总队总队长桂永清，副师长李良荣(原航校间谍团团长)和周振强（原教诲总队副总队长）。第46师下辖第136旅、137旅和138旅，此中教诲总队残部编成第138旅，由马威龙（原教诲总队第3旅旅长）任旅长。2月桂永清升任第27军军长，师长遗缺由李良荣接任。

1938年5月下旬第46师在27军建制内插手豫东作战，日军第14师团集合尽力猛攻27军在杨固集、双塔集一带的防地，27军此时既无士气也无战力，阵地很快被日军冲破，桂永清竟不思反击反而率部退向开封，只是号令配属作战的88师代替106师戍守兰封，88师师长龙慕韩竟步桂永清后尘于5月23日私行放弃兰封，使日军不费吹灰之力进占计谋重地兰封。德式榜样师竟如此表示，实在令人痛心疾首！蒋介石闻讯后严令48小时内必须光复兰封。国军71军、74军、64军和27军尽力反击，血战两天后于27日光复兰封，苦战中46师再无昔日的赫赫虎威，三个旅长一死两伤（教诲总队改编而成的138旅旅长马威龙阵亡），团长伤亡各二名，营长阵亡九名，全师伤亡达5000余人，却毫无战绩可言，光复兰封及四周要地的功绩均归于71军和74军。是以战后88师长龙慕韩被处决，成为抗战中第一个被处决的嫡派将领，桂永清和李良荣均被夺职，第27军番号撤消，第46师仅剩3000多人，曾经显赫一时威风八面的教诲总队根基已难觅其踪。46师的残部跟着胡宗南的第17军团西撤，随后顺理成章地被胡宗南整编。1938年11月胡宗南体系的黄祖勋出任师长，下辖第136旅和第138旅。1944年1月该师划归第57军，1945年2月华南地区国军整编，第57军被裁撤，第46师也随之遭到裁撤的运气，所部官兵补入第54军第8师。