年（天启二年）岁正月，广宁沦陷，经略熊廷弼与巡抚王化贞溃入山海关。关外辽土或为后金攻取，或为蒙古诸部所占。仲春，任命孙承宗为兵部尚书兼东阁大学士。在中枢三个月，朝风为之一振。朝廷任命王在晋为辽东经略。贵州水西土族首级安邦彦叛，包抄贵阳。承宗安插平剿。三月，命大学士叶向高、孙承宗、尚书汪应蛟、王纪、都御史邹元标、侍郎钱象坤、张经世、左通政袁可立等充读卷官廷试天下贡士，黄道周、倪元璐、王铎等成进士。四月，在孙承宗的保举下，天启帝以“弹压登莱非公（袁可立）不成”，任命袁可立为登莱巡抚，节制两镇兵马。六月，承宗带领鹿善继、宋献亲赴山海关阅视，否定王在晋筑里铺重关之议，回京后自清赴山海关督师。月，受命以原官督理关城及蓟、辽、天津、登莱等处军务。玄月，达到山海关，招兵选将，清算关门防务。以江应诏为大帅，以袁崇焕督建营房、加筑长城。同时订定兵制、安设灾黎、构造屯垦，关防渐有次第。十仲春，承宗改以马世龙为平辽大将军，统领关表里各军。

崇祯帝为停歇朝议，准其归籍，孙承宗第二次被架空下台。

4年（万历四十二年）岁擢詹事府右坊右中允，不久迁左坊左中允。努尔哈赤袭抚顺，又陷开原、铁岭。廷议yù起用熊廷弼。承宗颁发“当大事须置身天宇以外，俯视所营”之论，并与徐光启纵论练兵事件。玄月，六子孙铈出世。

年（万历三十六年）4岁告假回籍。帮手县令钱、周之藩在高阳治水。写《车道口堤记》、《横堤记》等。

努尔哈赤攻占沈阳、辽阳今后，明军实际上就面对着一个如何停止军事防备的计谋挑选题目，便是主守关防，作主动的防备；还是恪守关门，作悲观防备。对此，明火线军事将领定见不一。辽西经略王在晋主张“拒奴抚虏，堵隘守关”。

年（万历二十一年）岁被选入京师国子监就学。

年（崇祯九年）4岁正月，鹿善继偕孙奇逢赴高阳，为承宗祝寿，留住十rì许。四月，皇太极建国号为清。十一月，后金兵围定兴，鹿善继守城战死。承宗赴定兴，抚棺长恸，作诗数十首，祭奠忠魂。

王在晋调走后，山海关的防务采纳并贯彻了孙承宗与袁崇焕主守关外的计谋。而后，经数年艰苦的尽力，安插成一道坚毅的关（山海关）宁（远）锦（州）防地，成为后金马队不成超越的停滞。从努尔哈赤到皇太极，始终都没能完整突破这道防地。在多次碰鼻以后，迫使他们望宁远而却步。这道防地不但确保了山海关免受进犯，并且在而后的二十余年间，根基上稳定了辽西走廊的战局。

年（崇祯五年）岁正月，七十诞辰，鹿善继特地至高阳祝寿。撰《督师事件》、《古今中官志》等。