路入京勤王之兵的总督卢象升在巨鹿阵亡，朝廷遂召孙传庭、洪承畴主持京师戍守，升孙传庭为兵部右待郎兼右佥都御史，批示各路救兵，孙传庭到达京郊后，因为他和主和派的杨嗣昌及中官夏起潜冲突颇深，崇祯天子降旨不准他入京朝见，而洪承畴则在京郊遭到慰劳，并奉旨进殿拜见崇祯天子，杨嗣昌任洪承畴为蓟辽总督，并主张将陕西军全数留下，用于保卫蓟辽，孙传庭对此死力反对，以为“秦军不成留也。留则贼势张，无益于边，是代贼撤兵也。”杨嗣昌对孙传庭的定见置之不睬，孙传庭对此不堪愁闷重重，乃至耳聋。