就在入水典礼即将停止的时候，阿莫利万的MS格纳库遭到了地球结合军间谍军队的俄然攻击，ZAFT军所开辟的三架最新型高达也被夺走。ZAFT的MS军队丧失惨痛，而卡嘉莉和阿斯兰也堕入伤害当中。就在这危急时候，飞鸟真驾驶剑设备型脉动高达挡在三架高达的面前。