终究美国作出了让步，将国旗移到了中国国旗的前面。审判前最首要的事情是撰写告状书，但是在告状书里该以何年为被告犯法日期的起点这个题目上，各国法官又产生了严峻分歧，有人以为，肇端点应当从1941年12月7日，日军偷袭珍珠港算起，有人以为应当将1937年7月7日发作的“卢沟桥事件”算起，而梅汝璈提出，应以1928年1月1日日本制造“皇姑屯事件”为对日本战犯告状的肇端日。在一番会商后，远东国际军事法庭同意了梅汝璈的主张。

开庭当日，构成军事法庭的11国的查察官向法庭提出告状书，被告原有28人，实际受审者为25人。告状书以粉碎战役罪、战役罪、违背人类罪控告被告自1928年1月1日至1945年9月2日期间犯下的罪过。在审判过程中，最令人感到不测的是中国末代天子溥仪以证人身份呈现在法庭上，这不但引发了全部日本的存眷，也引发了全天下的谛视。溥仪出庭8天，使大量被日本决计坦白的罪过和战役奥妙重见天日，而南京大搏斗幸存者在法庭的呈现，也让被告坦白究竟本相的诡计停业。

1946年3月20日，在自家的客堂内，42岁的梅汝璈对前来采访他赴东京担负远东国际军事法庭法官一事的记者说道：“审判日本战犯是人道公理的胜利，我有幸受国人之托，作为寂静的国际法庭法官，决竭力依法行事，不负当局与国人嘱望。”

1946年4月29日，梅汝璈达到东京后，作为克服国派出的法官，下榻于东京“帝国饭店”。审判将在5月3日正式开端，但在这之前，一个题目摆在了梅汝璈面前。在开庭预演时，庭长韦布宣布入场的挨次为美、英、中、苏、加、法、新、荷、印、菲，把中国法官的坐次排在了英国的前面，这让梅汝璈没法接管，作为同盟国中受日本侵犯最为深重，在反侵犯中进献又最大的克服国之一，梅汝璈对峙以为中国应当排在第二位，他指出：“如论小我之坐位，我本不在乎。但既然我们代表各自国度，我以为法庭坐次应当按日本投降时各受降国的具名挨次摆列才最公道。”

看到这一环境后，梅汝璈历数了日军在中国大地犯下的累累罪过，比如日军在各地展开的“三光”政策，肆意搏斗手无寸铁的布衣，用活人做细菌实验等等。在梅汝璈的死力主张下，各国法官最后以投票的体例确认了极刑的合用。