但是，智觊大师的申述并非批评弟子杨广，杨广只是一个藩王，上有父皇和太子杨勇，不是杨广说了就算。而大一统的天下局势又要求认识形状的高度同一，同一政官僚求有呼应同一的宗教，建立为王朝所用的最高神学。杨坚在灭陈后不久就催促智觊要“以同朕心”，和朝廷保持分歧，智觊却不但不主动归依新朝，反而不肯“依违顺彼”，要“绝域远避”，“虽在人间，弗忘山野”，想自在地弘法布道，明显不容于当世，有悖于当时的政治情势。对于杨广来讲，他坐镇江都，受命统领旧陈之地，必定要做到江南的宗教思惟与朝廷的分歧，因为智智觊在江南宗教界的名誉，杨广不但要节制智觊，还想操纵智觊的影响力，就像拉拢操纵江南玄门首级王远知一样。王远知束手就范，但智觊却凛然不附。智觊的孤傲不平当然宝贵，而杨广对桀骜不驯的大师却也自始至终没有卤莽简朴地施之以毒害，而是很有耐烦地一次又一次地延屈，施之以惠，竭尽尽力地拉拢，但愿硬化智觊，使智觊戴德就范。

智觊以沉痛的语气陈述本身削发弘法只求六根清净，想不到没法堵截尘凡的烦恼，他想远避绝域阔别政治而不成得，而不得不“依违顺彼”，他以为这是“上负三宝，下愧本心，此一恨也”。其第二恨为“再负先师百金之寄”。别的，他提到荆州法集被官司闭幕之事（五恨），和在江都被监督而没法布道之状（三恨），言辞暗含忧怨。大师又叹曰：“又作牵挂，此处无缘，余方或有，先因荆潭之愿，愿报地恩，大王弘慈，霈然垂许。于湘潭功德，粗展微心，虽法缘者众，孰堪委业？初谓缘者不来，今则往求不得，推想既谬，此四恨也”。在智觊看来，大隋一统天下仿佛没有他自在布道弘法之地。最后一恨他说：

既再游江都，圣心熏法，令着《净名疏》，不揆暗识，辙述偏怀。玄义始竟，麾盖入谒，复许东归。而吴会之僧，咸欣听学。山间虚乏，不成聚众。束法待出，访求法门，暮年衰弱，许当野蛮，今出期既断，法门亦绝。字里行间充满痛切激愤之情，表达了一名殉道者对于世道不公的最后抗诉。

杨广对智觊的拉拢固然抱有较着的政治图谋，遭到智觊抵抗未达目标也是究竟，但从他们来往的究竟来看，很难说杨广对智者大师实施的是**，即便是遗书“六恨”也难以看作是蒙受毒害的证据，而只能看着智觊对想自在布道而不能的一种控告。

开皇十七年（597年）十月杨广又一次朝见父母后归藩，或许是杨坚问及智觊的意向并有所唆使，杨广又“遣行参高孝信入山奉迎”，且仿佛有不得违旨之命。智觊见杨广仍不放过本身，乃“散什物用施贫”，“又画作寺图觉得款式，诫嘱僧众”。在预示了本身必死以后，大师出发。行至石门，乃云有疾，谓弟子智越等曰：“大王欲使吾来，吾不负言而来也，吾知命在此，故不须进前也，石城是露台西门，天佛是当来灵象处所，既好宜最后用心”。即口传遗书并亲写四十六字给晋王，其书略云：“莲花香炉、犀角快意，是王所施，今以仰别，愿德香远闻，长保快意”。封竟，索三衣钵，命净扫洒，以十仲春二十四日未时安祥入灭，春秋六十，僧夏四十。