巫统的政治安排职位厥后也曾面对过应战。1987年4月24日巫统停止三年一度的中心推举，成果形成了该党内部高层的前所未有的分裂：现任巫统主席Mahathir遭到了Tengku Razaleigh的有力应战。推举的成果是，Mahathir仅以43票微小多数被选，勉强保住了巫统主席和内阁辅弼职位。不但如此，在随后产生的党选上诉案中，以Mahathir为首的巫统还被宣判为不法的构造而遭到打消（1988年2月4日）。这迫使Mahathir带领的巫统改换称呼为“新巫统”（UMNO Baru，1988年2月16日建立，7月又改回“巫统”原名）。Tengku Razaleigh则组建了“四六精力党”（1946年为巫统建立年）。此次巫统党内危急还导致最高法院院长Tun Salleh Abas被罢免。在此次党内斗争中，Mahathir充分操纵了他所节制的国度机器，才令巫统的政治安排职位得以持续保持下来。但是，在两年后即1990年大选中，以巫统为首的国阵再次遭到了包含“四六精力党”在内的反对党联盟（替阵）的应战，马来西亚的汗青也几近退到了1969年大选前夕的状况，但国阵终究还是涉险过关，保住了原有的政治安排职位。

国阵建立后，在巫统的带领下，持续博得几次天下大选的胜利，并且均是以博得结合邦议会五分之四议席的多数而得胜，毫无疑问，国阵力量的加强，就等因而巫统在海内的带领职位的加强，从族群政治这个角度看，就是代表马来人的巫统在朝职位的稳固。