从马来西亚本土角度看，马来人的来源和内部构成应当说是很庞大的，但是从全部马来群岛看，实在构成马来人的主体，就是古往今来以之定名的马来群岛的马来人这一土著群体。实际上，群岛上的马来人的汗青并不但仅追溯到公元前3000年前，而是更早，起码是新石器期间晚期（新石器期间普通以为始于约8000至12000年前）。并且，按照有关研讨，马来人虽说是马来群岛的土著，但是，在太古期间，他们的先人亦属外来移民。有学者将马来亚半岛的马来人分为两大族群，即原始马来人( Proto-ys)和次生马来人( Deutero-ys)，并且以为，他们的故乡本来都在中国西部。而从种族血缘上看，原始马来人还带有某种高加索（Caucasoid）成分，就是他们最早将新石器期间文明带入到东南亚。这些人的后嗣现在已不属于马来族群，但是，因为种群上的近缘干系，偶然也被称做“土著马来人”（Aboriginal ys）。次生马来人与原始马来人传闻不是属于同一人种，他们源自分歧的蒙前人种( Mongoloid)，约莫在公元前2500至前1500年间来到马来群岛，并将金属器期间的文明带了出去。