过了几日，宁王朱权率诸王及群臣劝谏朱棣：“国不成一日无君，建文帝受奸人勾引葬身火海，二位嫡出皇子又下落不明。诸王当中，只要燕王殿下春秋最长，声望最高。请殿下为大明江山社稷着想，即位为帝。”朱棣故作推委：“本王奉天靖难，只为断根君侧，待擒获黄子澄、齐泰等奸臣，本王便出兵而还。”诸王及群臣又再劝谏：“请殿下为大明江山社稷着想，殿下为太祖高天子与孝慈高皇后嫡子，理应挽大明于危难。请殿下先即位再除奸臣。”宁王朱权及群臣苦苦劝进四天，朱棣终究承诺即位为帝，随即派人到北平接来了燕王府中的亲眷。

正在此时，朱能走上前来，“殿下，这不是皇后的燕居冠？”朱棣从朱妙手中拿过燕居冠，拂去冠上的灰烬，“可找到皇后的尸身？”朱能答道：“整座奉天殿就这一具尸身。”朱棣回身问袁忠：“皇后的燕居冠应在坤宁宫，而不该在奉天殿，看这尸身的是非，莫不是马皇后？”袁忠抬开端来，凝睇着朱棣，说道：“四殿下何必如此？四殿下既然还记得昔日懿文太子各式庇护于你，现在又何必计算他的儿子身长几尺？”“本王只是想晓得允炆的下落罢了。”袁忠见朱棣还是不肯罢休，便问道：“四殿下起兵为何？若陛下还在，难不成四殿下清君侧以后遵循组训，出兵于营，朝天子而还？陛下驾崩既是成绩四殿下的最好成果，四殿下还何必究查允炆那边？”朱棣听罢，沉默半晌，俄然对着尸身抽泣道：“傻小子，你何故如此。皇四叔来替你肃除奸佞，你却被奸臣勾引，白白送了性命。”

听到被诛十族的动静，方孝孺的老婆郑氏脾气刚烈，不待燕军来到府上，便与方孝孺的两个儿子方中宪、方中愈自缢而亡，方孝孺的两个女儿来到秦淮河边，跳河他杀。方孝孺其他亲人及门放门生共八百七十三人被押赴聚宝门。

驻守在龙江的朱棣，突见奉天殿方向起火，赶快率军入宫，魏国公徐辉祖率军抵当，徐辉祖不敌，败下阵来。徐辉祖痛哭流涕：“太祖天子，江山就要易主了，臣故意抗燕，却已有力回天，臣对不起太祖天子。”徐辉祖哭罢，单独一人去了父祠，直至朱棣即位为帝，徐辉祖都在父祠当中不肯出来谒拜朱棣，朱棣一怒之下将徐辉祖关押在了天牢，幸有令仪为本身的长兄讨情，才令其返回私宅，得以善终。

眼睁睁地看着本身的亲人被砍下头颅，方孝孺声泪俱下。方孝孺的弟弟方孝友见兄长抽泣，开口劝道，“哥哥不必哀痛，父亲在时便常对你我说，人活活着，要‘仰不愧于天，俯不怍于人。’我方家世代贤能，忠君报国。现在满门忠烈，先祖足当含笑地府。”方孝孺扭头看着方孝友，眼泪倒是止不住，哽咽着说道：“殉身大明、尽忠陛下，我百死何憾？只是苦了你们。”方孝友微微一笑，对着方孝孺吟了一首绝命诗：“阿兄何必泪潸潸，取义成仁在其间。华表柱头千载后，旅魂还是到家山。”方孝孺听了方孝友的这首诗，闭上了双目，也吟了一首绝命诗：“天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发奋兮血泪交换，以此殉君兮抑又何求？鸣呼哀哉兮庶不我尤！”如此，千古忠臣方孝孺为建文帝尽忠，时年四十六岁，其十族被朱棣诛杀。