12月14日，按照最高统帅部唆使，唐生智在临淮关宣布南京卫戍司令长官部撤消，撤至江北的卫戍军军队附属第三战区。至此用时十天的南京保卫战结束。

周斓把撤退号令和计分别发给各将领后，夸大说：“都城卫戍军队决于本日（12日）晚，突破劈面之敌，向浙、皖边区转进。各军队行动时候、颠末地区及集结地区，如计划规定。各军队官兵应照顾四天炒米及食盐。”

12日晚，卫戍司令长官唐生智、副司令长官罗卓英、刘兴及长官部官兵，从下关煤炭港乘预备的小火轮渡江至浦口，获得日军已至江浦四周、正向浦口包抄的谍报，遂徒步向扬州顾祝同第三战区司令部挨近；13日7时到扬州时，顾祝同及战区司令部已移驻临淮关，临行时留下六辆卡车。唐生智等首要官员及卫队乘汽车至滁州转火车，于当夜达光临淮关。

随后，第78军和第36师也由此渡江至乌衣集结，后乘车去蚌埠转信阳至萍乡清算。

13日上午，日军各军队别离由中庙门、光彩门、中华门、水西门等处进入南都城内。山田支队占据了南京最后一个支撑点幕府山；天谷支队度太长江占据扬州，堵截了大运河；第6师团一部进至下关；国崎支队占据浦口，堵截了南京守军统统退路。堆积于燕子矶、下关沿江一带及八卦洲、江心洲中，未撤至江北的多量中国官兵成为战俘。已渡至江北的中**队沿津浦路向徐州方向撤退。